نشأ مصطفى بن محمد بن أحمد بن رجب بن محمد بن شحاتة الخطيب الشريف الحسيني بقرية شطورة التابعة لمركز طهطا بمحافظة سوهاج بمصر، وقد هاجرت عائلة الخطيب التي ينتمي إليها من قرية الأشراف البحرية بمحافظة قنا إلى قرية شطورة عام 675 هجرية.

كان جده الرابع الشيخ رجب من علماء الأزهر وله مؤلفات ما تزال مخطوطة بمكتبته حتى الآن وكذلك كان جده الشيخ أحمد رجب ووالده الشيخ محمد ممن يحفظون القرآن الكريم ويقومون على تعليمه مع بقية العلوم الشرعية.

حفظ القرآن في صغره، والتحق بالتعليم العام فدرس بمدرسة شطورة الابتدائية، ثم المدرسة الثانوية بمركز طهطا ثم التحق بكلية التربية جامعة أسيوط حيث حصل على المركز الأول بمرتبة الشرف الأولى، ومن ثم تم تكليفه معيداً بنفس الكلية بقسم أصول التربية، ثم انتقل إلى كلية التربية بسوهاج، ومنها تدرج في الدرجات العلمية حتى صار أستاذاً، ثم وكيلاً لكلية التربية ثم عميداً لها لفترتين متواليتين.