تبين من دراسة الميزانية الهيدرولوجية لأحواض التصريف بمنطقة مرسى مطروح أنها تعاني من حدوث عجز مائي مثلها مثل باقي النطاقات الجافة وشبه الجافة ، ويسقط المطر فيها بشكل فجائي على شكل رخات فجائية متوالية مما أدى إلى تعرض المنطقة إلى حدوث سيول أثناء موسم سقوط المطر ، كما توصلت الدراسة إلى تباين احتمالات وجود مياه جوفية من حوض لآخر حسب التكرارية النهرية لكل من هذه الأحواض ؛ حيث تبين أن 44,4% من هذه الأحواض تكون احتمالات وجود مياه جوفية بها قوية جداً ، وأن 11.1% منها تكون احتمالات وجود المياه الجوفية بها قوية ، و16.67% من هذه الأحواض تكون احتمالات وجود مياه جوفية بها متوسطة ، أما النسبة المتبقية 27.78% والتي تمثل باقي الأحواض فإن احتمالات وجود مياه جوفية بها تتراوح بين الضعيفة والضعيفة جداً ، والتي تشكللها مجموعة الأودية الواقعة في القسم الغربي من منطقة الدراسة ، وهذا يعني أن 72.2% من أحواض المنطقة ستسهم مستقبلياً في إقامة مشروعات تنموية مستدامة اعتماداً على مخزون المياه الجوفية بها .